Uma parte da documentação pessoal acumulada por Ruy Guerra foi depositada, desde os anos 1989/1990, no Museu de Arte Moderna do Rio de Janeiro (MAM) e uma segunda parte, desde o segundo semestre de 2021, comprada pelo Instituto Moreira Salles (IMS) e depositada em seu arquivo do Rio de Janeiro.

No Arquivo Nacional no Rio de Janeiro podem ser encontrados alguns de seus filmes:

Sweet Hunters - uma cópia com legendas em francês;

A queda - uma cópia com legendas em espanhol, um negativo do som somente e um trailer;

Mueda, Memória e Massacre - uma cópia sem legendas.

Erendira - uma cópia sem legendas e uma cópia com legendas em francês ;.

Ópera do Malandro - uma cópia sem legendas;

Bela Palomera - uma cópia sem legendas;

Kuarup - uma cópia sem legendas.

A Cinemateca Brasileira em São Paulo possui uma cópia restaurada de Os Fuzis, versão nacional autorizada pelo produtor Jarbas Barbosa que, por ter sofrido um corte de vários minutos, Ruy não assina.